Gli impianti di refrigerazione di bordo utilizzano fluidi frigorigeni di diverso tipo: idrofluorocarburi, sempre più limitati dalle norme europee sui gas fluorurati, ammoniaca negli impianti più grandi, anidride carbonica in alcune installazioni recenti. Ciascuno presenta pericoli specifici che vanno inseriti nella valutazione.
Gli idrofluorocarburi e l'anidride carbonica sono più pesanti dell'aria: in caso di perdita in un locale chiuso, come la sala macchine o la stiva, si accumulano verso il basso e spostano l'ossigeno senza dare segnali percepibili, perché sono incolori e quasi inodori. Una persona che scende in un locale invaso può perdere conoscenza in pochi respiri. L'ammoniaca, al contrario, ha un odore pungente avvertibile a basse concentrazioni, ma è tossica e corrosiva per occhi e vie respiratorie e, entro certi intervalli di concentrazione, infiammabile.
Le misure comprendono la manutenzione e il controllo delle perdite da parte di tecnici certificati per i gas fluorurati, i rilevatori fissi di gas nei locali che ospitano l'impianto con allarme in timoneria, la ventilazione meccanica con prese d'aria in basso, la cartellonistica che segnala il tipo di fluido e i rischi. In caso di allarme non si entra nel locale senza aver ventilato e misurato l'atmosfera. Le schede di dati di sicurezza dei fluidi utilizzati devono essere disponibili a bordo e conosciute almeno dal motorista e dal comandante, insieme alle procedure da seguire in caso di perdita.